Antes de regressar a Roma, o Papa Bento XVI despediu-se dos portugueses, num discurso de balanço no Aeroporto Francisco Sá Carneiro, onde agradeceu o "acolhimento afectuoso" e a "forma tão calorosa e espontânea" como o receberam.
Confessou que em Fátima rezou pelo mundo inteiro, pedindo maior fraternidade e solidariedade e uma renovada confiança em Deus. O Presidente da República, Cavaco Silva, elogiou o Papa e agradeceu-lhe a visita de quatro dias, que diz ter revigorado a esperança e a confiança dos portugueses.
"Levo guardada na alma a cordialidade do vosso acolhimento afectuoso, a forma tão calorosa e espontânea como se cimentaram os laços de comunhão com os grupos humanos com quem pude contactar", afirmou o Papa.
Após agradecer a Cavaco Silva, aos irmãos bispos, ao Governo, a todas as autoridades e até aos meios de comunicação social, Joseph Ratzinger confessou as preces feitas em Fátima. "Rezei pelo mundo inteiro pedindo que o futuro traga maior fraternidade e solidariedade, um maior respeito recíproco e uma renovada confiança e confidência em Deus", referiu. E acrescentou: "O meu desejo é que a minha visita se torne incentivo para um renovado impulso espiritual e apostólico. Que o Evangelho seja acolhido na sua integridade e testemunhado com paixão por todos os discípulos de Cristo, a fim de que se revele como fermento de autêntica renovação de toda a sociedade!"
Cavaco Silva, que acompanhou Bento XVI ao longo de toda a visita, lembrou que os portugueses puderam estar perto do Papa e conhecê-lo melhor. "E nele encontraram a bondade humana, o carisma sereno, a profundidade de pensamento, a fortaleza de ânimo, sinais inspiradores num tempo de grandes desafios como aquele que atravessamos", sublinhou. "Portugal despede-se de vós revigorado pela mensagem de esperança e confiança que nos deixais", disse.
Depois dos discursos, o Papa foi cumprimentar pessoalmente parte dos convidados, entre os quais os ministros Teixeira dos Santos e Augusto Santos Silva. O presidente da Câmara da Maia, Bragança Fernandes, foi um dos muitos que fizeram questão de beijar a mão ao chefe da Igreja Católica, num cumprimento emotivo.
O último adeus do Papa foi à porta do Airbus 320 da TAP que levou Bento XVI de regresso a Roma, onde chegou pouco antes das 17h00. Na viagem, segundo a tripulação, foram servidos só produtos portugueses, tendo o Papa optado entre um cherne dos Açores e uma vitela barrosã, além de uma selecção de queijos. Para a sobremesa, estava prevista uma sopa de morangos fria com requeijão. O Papa tinha chegado ao Porto às 9h45, vindo de helicóptero de Fátima. Aterrou no heliporto da serra do Pilar, onde 83 crianças das paróquias de Vila Nova de Gaia lhe cantaram as boas-vindas. Seguiram-se os cumprimentos oficiais e a entrada no papamóvel, onde se deslocou durante o dia.