No mundo existem mais de 1000 espécies de morcegos e, em Portugal Continental, existem 24 espécies, que representam 40 por cento da fauna de mamíferos terrestres do país.

Nove das espécies existentes em Portugal são classificadas como criticamente em perigo, em perigo, ou como vulneráveis no Livro Vermelho dos Vertebrados de Portugal (2005).

Os morcegos são importantes porque controlam pragas agrícolas e florestais contribuindo para um menor uso de pesticidas na agricultura e são os mais importantes predadores de insectos nocturnos voadores. Algumas espécies chegam a comer metade do seu próprio peso numa só noite em insectos.

Os morcegos têm, assim, GRANDE IMPORTÂNCIA ECOLÓGICA para as comunidades de invertebrados cavernícolas que aí vivem.

Na gruta do Alviela monitorizada por esta câmara existem 12 espécies diferentes de morcegos, chegando a concentrar-se cerca de 5000 indivíduos na época de reprodução. Esta gruta possui também a mais importante colónia de morcego-lanudo de Portugal.

Estas são as espécies existentes na gruta:

Morcego-de-peluche
Morcego-rato-grande
Morcego-lanudo
Morcego-de-ferradura-mediterrânico
Morcego-de-ferradura-grande
Morcego-de-ferradura-pequeno
Morcego-rato-pequeno
Morcego-de-franja
Morcego de Bechstein
Morcego-de-ferradura-mourisco
Morcego-hortelão
Morcego-de-água